O IEPS atua em quatro eixos:

  1. Produção de pesquisa científica
  2. Formulação de propostas de políticas públicas
  3. Fortalecimento da gestão pública
  4. Promoção de uma cultura de saúde

O IEPS também se propõe a ser um espaço de encontro e articulação que facilite e estimule a) o diálogo franco sobre todos os assuntos relacionados com o sistema de saúde brasileiro; b) a pesquisa rigorosa; e c) a coerência na formulação de políticas públicas de saúde.